Les commissions regroupent des bénévoles qui ont à cœur la protection de l'environnement et qui proposent des solutions pour harmoniser les rapports entre l'humain et la nature. Ceux-ci réfléchissent et interviennent dans les domaines de l'agriculture, des aires protégées, de la biodiversité, de l'eau, de l'énergie et des changements climatiques, et de la forêt.

Le travail réalisé par les membres des commissions oriente les actions de Nature Québec et sert de base à ses interventions et prises de position. Il fait de Nature Québec une référence en matière de conservation et de protection de l'environnement.

• Commission Agriculture
• Commission Aires protégées
• Commission Biodiversité
• Commission Eau
• Commission Énergie et changements climatiques
• Commission Forêt

Nature Québec, par l'intermédiaire de Harvey L. Mead, s'intéresse également à l'économie écologique.