Nature Québec, en partenariat avec cinq autres organismes, a réclamé des états généraux sur l’agriculture. Cette demande a donné lieu, en février 2007, à la Commission sur l’avenir de l’agriculture et de l’agroalimentaire du Québec (CAAAQ).
La commission Agriculture, en collaboration avec les commissions Énergie et Forêt, a réalisé un mémoire, Pour une agriculture respectueuse de ses ressources (pdf 234 ko), qui propose de soutenir les pratiques agricoles durables en préservant la qualité des sols, de l’eau et de la biodiversité. Le rapport de la CAAAQ a été rendu public en février 2008.
Mandaté par Environnement Canada, Nature Québec a organisé un Atelier de formation sur l'hydrodynamique, la biodiversité et la mise en valeur des cours d’eau agricoles en février 2007. Ces ateliers ont permis de mettre en commun l’expertise de différents groupes autour des projets de bassins versants agricoles, comme le programme Méandres et celui de mise en valeur de la biodiversité des cours d’eau en milieu agricole de la Fondation de la faune / UPA.